Nuestra Iglesia Comunidad Bautista de Ñuñoa se organiza y funciona
con un gobierno de característica congregacional, es decir, las decisiones son tomadas
en asambleas participativas buscando el concenso como principio de acuerdo. Asimismo existe una estructura de Directorio Ministerial, cuyas áreas, inspiradas en la enseñanza bíblica son:
Servicio, Adoración, Enseñanza, Evangelización y Misiones, y Compañerismo.

Además, un Directorio Ejecutivo representa a la iglesia ante la ley,
conforme a la Personalidad Jurídica, regulada por la Ley de Culto vigente en nuestro país.